C3BI Seminars – Methodological – Le Cloud Académique IFB pour les Sciences du Vivant

“Le Cloud Académique IFB pour les Sciences du Vivant”, présénté par Christophe Blanchet. #IFBCloud #C3BISeminars

Le Cloud Académique IFB pour les Sciences du Vivant, Retrovirus Room, LWOFF Building


Time : 2 PM       Starting Date : 24/09/2015        Ending Date : 24/09/2015

Location : Retrovirus Room, LWOFF Building, Institut Pasteur, Paris


Ces dernières années, beaucoup d’Infrastructures de Recherche dédiées aux sciences du vivant, ont été mises en place à l’échelle nationale et européenne, et produisent d’énormes quantités de données expérimentales hétérogènes à analyser. Leur analyse demande un grand nombre d’outils logiciels et souvent la comparaison avec des collections de données de références. De la même manière, les interfaces requises couvrent un spectre large : de la ligne de commande au portail web, en passant par des logiciels graphiques. L’objectif de l’Institut Français de Bioinformatique (IFB) est de fournir aux scientifiques et ingénieurs, utilisateurs comme développeurs, les capacités de stockage et de calculs requises dans une solution flexible, simple d’utilisation et facilement adaptable. Pour simplifier l’utilisation des logiciels bioinformatiques pertinents, nous les avons intégrés dans des machines virtuelles préconfigurées (les appliances), prêtes à l’emploi sur le cloud de l’IFB. Le modèle d’organisation envisagé vise un équilibre entre les mouvements de données, qui peuvent être très couteux et dans certains cas impossible pour les données confidentielles, et le déploiement automatique des appliances sur des clouds locaux, au plus près des dépôts de données mais nécessitant une infrastructure locale compatible. Pour répondre aux besoins les plus courants, nous avons installé une sélection de plusieurs logiciels scientifiques dans des appliances pour différents domaines des sciences du vivant. L’IFB référence les outils des machines virtuelles dans un catalogue, disponible en ligne, et contenant déjà vingt appliances pour différents sujets comme l’analyse de séquence, l’écologie et la dynamique de populations, la génomique avec le portail Galaxy et des outils comme Stacks pour le RAD-seq, la bio-imagerie, les statistiques avec la suite R, le portail R-studio et l’API web Shiny, etc.