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Project #10343
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#10343 : Détection et assemblage d’entérovirus dans des échantillons cliniques et environnementaux
Topics :
Organisms :

Group :
Name of Applicant : Maël Bessaud
Date of application : 19-10-2017
Unit : Biology of Enteric Viruses
Location : Darré, 2, 05c
Phone : 3315
@ Mail : mael.bessaud@pasteur.fr
@ PI-Mail : francis.delpeyroux@pasteur.fr

Project context and summary :

PARTIE 1: Résolution des problèmes liés à l’assemblage de novo de génomes recombinants présents sous forme de mélanges dans les échantillons cliniques et environnementaux La recombinaison génétique est un phénomène très fréquent chez les entérovirus. Celle-ci consiste en la génération de génomes chimériques constitués par l’assemblage de séquences génétiques provenant de différents génomes parentaux. La présence dans des échantillons cliniques ou environementaux de virus recombinants mélangés avec leurs virus parentaux complique le séquençage du génomes de ces virus. Notre objectif est d’améliorer les analyses bio-informatiques des données de séquençage afin de pouvoir observer toute la diversité génétique présentes dans les échantillons que nous analysons. PARTIE 2: Amélioration des techniques permettant la détection de poliovirus dans l’environnement Les poliovirus sont les agents étiologiques de la poliomyélite, une maladie qui fait l’objet d’un programme mondial d’éradication conduit par l’OMS dans lequel sont impliqués l’Institut Pasteur de Paris et de nombreux laboratoires du réseau international des instituts Pasteur. Les poliovirus se répliquent principalement dans l’intestin des sujets infectés et sont excrétés dans les selles. Ils peuvent ainsi être retrouvés dans des échantillons d’eaux usées. La surveillance environnementale est l’un des piliers du plan stratégique de l’OMS car elle permet de déterminer les régions dans lesquelles les poliovirus circulent toujours et de détecter la réintroduction de poliovirus dans des régions d’où ils avaient été éliminés. Elle est réalisée à l’échelle du globe par de nombreux laboratoires du réseau mondial des laboratoires polio. Nore objectif est d’améliorer les techniques de détection en utilisant la profondeur d’analyse du séquençage à haut débit pour détecter les génomes de poliovirus.


Related team publications :
Bessaud M, Sadeuh-Mba SA, Joffret ML, Razafindratsimandresy R, Polston P, Volle R, Rakoto-Andrianarivelo M, Blondel B, Njouom R, Delpeyroux F. Whole Genome Sequencing of Enterovirus species C Isolates by High-Throughput Sequencing: Development of Generic Primers. Front Microbiol. 2016 Aug 26;7:1294
Blondel B, Autret A, Brisac C, Pelletier I, Martin-Latil S, Jegouic S, Bessaud M, Joffret ML, Balanant J, Colbère-Garapin F, Delpeyroux F. Evolution génétique des poliovirus : succès et difficultés de l’éradication de la poliomyélite. Med Trop (Mars). 2008 Apr;68(2):189-202
Service Delivery
Project Manager : emna.achouri@pasteur.fr
Project Type : Medium
Status : In Progress


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