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Project #14607
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#14607 : Récupération des données associées aux séquences de génomes de Klebsiella pneumoniae téléchargées du NCBI
Topics :
Organisms :
Group :
Name of Applicant : Nicolas CABANEL
Date of application : 11-12-2019
Unit : Ecology and Evolution of Antibiotics Resistance
Location : bat 03 rdc bas piece 23a
Phone : 0145688017
@ Mail : ncabanel@pasteur.fr
@ PI-Mail : pglaser@pasteur.fr

Project context and summary :

Dans le cadre d’une étude de souches de Klebsiella pneumoniae multirésistantes, nous avons besoin de comparer nos génomes avec ceux présents dans la base de données ncbi. Dans ce cadre, nous avons téléchargé l’ensemble des gènome de K. Pneumonie disponible fin novembre 2019. Nous utilisons des outils comme kleborate pour obtenir le Sequence Type, le résistome et des informations sur des mutations dans les gènes de la capsule et les porines. Afin de lier les caractéristiques génétiques et phénotypiques des souches que nous étudions avec les données épidémiologiques (la date, le lieu d’isolement, la source, l’origine, l’hôte) et techniques (séquençage, assemblage, couverture), nous avons besoin de récupérer ces information. La demande porte sur une méthode permettant à partir d’une liste d’identifiants d’extraire ces informations.


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Service Delivery
Project Manager : bryan.brancotte@pasteur.fr
Status : Pending


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