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Project #16678
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#16678 : Etude des TSS alternatif chez Cryptococcus
Topics :
Organisms :
Group :
Name of Applicant : Guilhem Janbon
Date of application : 14-01-2021
Unit : RNA Biology of Fungal Pathogens
Location : Fernbach 4eme tage
Phone : 33 1 45 68 83 56
@ Mail : janbon@pasteur.fr

Project context and summary :

Dans les années récentes, l’utilisation de données RNA-Seq nous a permis de ré-annoter le génome des trois souches de références de, respectivement, C. neoformans, C. deneoformans et C. deuterogattii (JANBON et al. 2014; GONZALEZ-HILARION et al. 2016; FERRAREZE et al. 2020). En utilisant des données de TSS-Seq et 3UTR-Seq, nous avons identifié les extrémités de chaque gène codant, ce qui nous a permis de décrire en détail la structure des Transcript Leader (TL) (WALLACE et al. 2020). Les séquences TL chez Cryptococcus contiennent un grand nombre de codons uATG (plus de 10 000) qui ne sont pas utilisées pour coder le protéome de ces levures. Nous avons pu montrer que les ATG « codants » étaient caractérisés par un motif proche de celui identifié par Marylin Kozak en étudiant des cellules de singes dans les années 80 (KOZAK 1986). Chez Cryptococcus, le nombre, la position et le motif associé aux uATG régulent l’expression des gènes. Les motifs associés aux ATG peuvent aussi réguler la diversité protéique et notamment leur adressage dans différentes organelles lorsque deux ATG sont en phase et incluant ou excluant, respectivement une séquence d’adressage. (WALLACE et al. 2020). Lors de cette étude, nous avons identifié un grand nombre de clusters de TSS alternative associés au gènes codant chez Cryptococcus. Leur nombre dépend des conditions de cultures mais par exemple, plus de 16 000 clusters de TSS sont associés aux 6800 gènes codants de C. neoformans quand les cellules sont cultivées à 30°C en phase exponentielle. Ces TSS alternatifs peuvent altérer la taille de la séquence TL mais aussi la séquence N-terminale et donc l’adressage de la protéine codée. Certains d’entre de ces TSS alternatifs sont positionnés au milieu de la partie codante des gènes et contrôlent la transcription de mRNAs dont la fonction est inconnue. Les conditions de culture régulent l’utilisation de ces TSS, certains étant régulés par la température d’autres par la phase de croissance. L’étude de la régulation de l’utilisation des TSS alternatifs et de leurs conséquences sur la biologie de Cryptococcus est un sujet majeur de l’unité. Une partie de cette étude demande l’identification et la description de TSS alternatifs et de leur régulation. Le but est de tester différents modèles et/ou pipelines afin de premierement caratétiser ce qu’est un cluster de TSS type chez C. neoformans puis dans un deuxième temps d’analyser la régulation de leurs usages en fonction des conditions de culture.


Related team publications :
Wallace E., Maufrais C., Sales-Lee J., Tuck L., de Oleivera L., Feuerbach F., Moyrand F., Natarajan P., Madhani H.D. & Janbon G. (2020) Quantitative global studies reveal differential translational control by start codon context across the fungal kingdom. Nucleic Acids Research, 48(5):2312-2331
. Gonzalez-Hilarion S, Paulet D, Lee K-T, Hon C-C, Lechat P, Mogensen E, Moyrand F, Proux C, Barboux R, Bussotti G, Hwang J, Coppée J-Y, Bahn Y-S & Janbon G (2016) Intron retention-dependent gene regulation in Cryptococcus neoformans. Scientific Reports 6, 32252.
Ferrareze P.A.G., Maufrais C., Silva Araujo Streit R., Priest S.J., Cuomo C., Heitman J. Staats C.C., & Janbon G. (2020) Application of an optimized annotation pipeline to the Cryptococcus deuterogattii genome reveals dynamic primary metabolic gene clusters. (Accepted in G3; BioRxiv. doi: 10.1101/2020.09.01.278374
Service Delivery
Project Manager : corinne.maufrais@pasteur.fr
Project Type : Medium
Status : In Progress


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