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Project #2871
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#2871 : Mise a disposition d’un(e) bioinformaticien(ne) du hub pour les analyses bioinformatiques du transcriptome et de l epigenome
Topics :
Organisms :
Group :
Name of Applicant : Jean-Yves Coppee
Date of application : 30-11-2015
Unit : Transcriptome and EpiGenome
Location : Batiment BioTop, 2eme etage
Phone : 0145688651
@ Mail : jycoppee@pasteur.fr

Project context and summary :

La PF Transcriptome et Epigenome développe des projets de séquençage à haut débit (collaboration et service) avec des équipes du Campus. Ceux-ci couvrent l’ensemble des thématiques du campus ainsi qu’une large gamme d’organismes (des virus aux mammifères). La plate-forme exerce des activités de biologie humide (construction des librairies et séquençage) et de biologie sèche (analyse bioinformatiques et statistiques). La personne mise a disposition interagira étroitement avec les autres bioinformaticiens du pôle BioMics et du Hub. Ses activités concerneront notamment: – La participation à la conception et à la mise en place des projets avec les équipes demandeuses, la prise en charge des analyses et le reporting aux utilisateurs – La mise en place d’un workflow d’analyse bioinformatique des données de transcriptome /épigénome en étroite collaboration avec le C3BI, la DSI et les autres bioinformaticiens du pole. Ce workflow permettra le contrôle qualité des données, leur prétraitement, le mapping des séquences sur les génomes/transcriptomes de réference, et le comptage des reads pour les différents éléments de l’annotation – L’adaptation du workflow d’analyse aux questions biologiques et aux organismes étudiés dans le cadre des activités de la PF – L’activité de veille technologique et bibliographique (test et validation de nouveaux outils d’analyse, updates d’outils existants…) – La mise en place et le développement d’outils d’analyse adaptés aux futurs projets de la PF: single cell RNAseq, métatranscriptome, ChIPseq, analyse des isoformes de splicing.. Ceci se fera notamment via la réalisation d’analyses dédiées avec certains utilisateurs. Les outils mis en place et validés dans ce cadre seront ensuite utilisés pour l’ensemble des projets. – L’activité de communication et de formation (participation aux réunions du consortium France Génomique,formation permanente à l’ Institut Pasteur… – la participation a d autres projets du Pole BioMics (selon disponibilité) Bernd Jagla, qui était le bioinformaticien de la plateforme a rejoint le Hub au 1er janvier 2016. Rachel Legendre est mise a disposition depuis le 2 novembre 2015 et remplace Bernd Jagla. Je souhaite que Rachel Legendre soit mise à disposition de la plateforme pour une durée d’au moins 2 ans.


Related team publications :
Lévi-Meyrueis C, Monteil V, Sismeiro O, Dillies MA, Kolb A, Monot M, Dupuy B, Duarte SS, Jagla B, Coppee JY, Beraud M, Norel F Repressor activity of the RpoS/σS-dependent RNA polymerase requires DNA binding. Nucleic Acids Res. 2015, 43(3):1456-68
Balloy V, Varet H, Dillies MA, Proux C, Jagla B, Coppee JY, Tabary O, Corvol H, Chignard M, Guillot L. Normal and Cystic Fibrosis Human Bronchial Epithelial Cells Infected with Pseudomonas aeruginosa Exhibit Distinct Gene Activation Patterns Plos One 2015, 10(10):e0140979
Hon CC, Weber C, Sismeiro O, Proux C, Koutero M, Deloger M, Das S, Agrahari M, Dillies MA, Jagla B, Coppee JY, Bhattacharya A, Guillen N. Quantification of stochastic noise of splicing and polyadenylation in Entamoeba histolytica. Nucleic Acids Res. 2013 41(3):1936-52.
Service Delivery
Project Manager : rachel.legendre@pasteur.fr
Project Type : Mis-a-disposition
Status : In Progress
Publication : 10.1111/cmi.12630


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