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Project #6325
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#6325 : Diffusion des mutations de résistance du VIH : modèles et méthodes d’estimation
Topics :
Organisms :
Group :
Name of Applicant : Olivier Gascuel
Date of application : 25-05-2016
Unit : Evolutionary Bioinformatics
Location : 6th BFJ
Phone : 01 45 68 82 72
@ Mail : olivier.gascuel@pasteur.fr

Project context and summary :

Les mutations de résistance aux traitements apparaissent sous l’effet de la sélection. Ces mutations sont transmises, les patients pouvant être infectés par des souches déjà résistantes à certains traitements. Ces mutations posent des problèmes considérables en limitant l’arsenal des traitements disponibles, pour les individus comme pour la population sur le long cours. Dans le cas du VIH, nous avons travaillé sur la transmission de ces mutations au sein de la population anglaise, et montré que la majorité de celles-ci étaient transmises par des patients naïfs ignorant leur infection (Mourad et al. AIDS 2015). La méthode employée était souvent ad-hoc et n’utilisait qu’une partie des données disponibles. L’objectif de ce projet est de mettre en place des modèles rigoureux et des méthodes efficaces d’estimation des paramètres (taux de transmission suivant les caractéristiques du donneur, taux de réversion, etc.).


Related team publications :
Mourad R., Chevennet F., Dunn D.T., Fearnhill E., Delpech V., Asboe D., Gascuel* O., Hue* S., “A phylotype-based analysis highlights the role of drug-naive HIV-positive individuals in the transmission of antiretroviral resistance in the UK”, AIDS 29 (15), 1917-1925, 2015. *co-corresponding authors
Gascuel O, Steel M., “Predicting the ancestral character changes in a tree is typically easier than predicting the root state”, Systematic Biology 63(3):421-35, 2014.
Service Delivery
Project Manager : anna.zhukova@pasteur.fr
Project Type : Medium
Status : In Progress


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