News – Journée Snakemake

EVENT : C3BI News

Journée Snakemake


Organisateurs : Rachel Legendre, Thomas Cokelaer, Hervé Ménager et Frédéric Lemoine from Institut Pasteur, Sarah Cohen-Boulakia, from LRI Date : 12/12/2016 at Location : Bâtiment Lwoff – Salle retrovirus, Institut Pasteur, Paris


L’Institut Pasteur, l’Institut Curie, le TAGC de Marseille et le CEA organisent avec le soutien de l’action ReproVirtuFlow du GDR MADICS une journée de rencontre autour de l’outil de gestion de workflows Snakemake. Snakemake est de plus en plus utilisé comme gestionnaire de workflows en bioinformatique. En effet, il facilite le développement de pipelines lisibles, portables et modulaires. Nous souhaitons fédérer une communauté afin d’établir de bonnes pratiques de développement et d’échange de règles. Dans ce cadre, le 12 décembre prochain, nous organisons une journée de rencontre autour de Snakemake, qui se déroulera à l’Institut Pasteur. Les objectifs de cette journée sont: – Le matin: Introduire Snakemake et vous permettre de présenter vos projets et retours d’expériences, – L’après-midi:  Travailler et discuter de manière plus informelle dans le cadre d’un hackathon.  

Programme :

9h-9h30 : Accueil des participants – café 9h30-10h: Tour de table des participants (par équipe) 10h-10h30: Présentation générale de snakemake. Thomas Cokelaer (Institut Pasteur Paris) 10h30 : Pipeline Ribosome Profiling – Pierre Bertin – I2BC, CNRS Orsay 10h45 : Pipelines mRNA et variants – Marc Galland – Université d’Amsterdam 11h00 : pause café 11h20 : Development of Snakemake Workflows designed for ChIP-seq analysis – Claire Rioualen – TAGC, INSERM, Université de Marseille 11h35 : Sequana: a set of flexible genomic pipelines for processing and reporting NGS analysis – Dimitri Desvillechabrol – Biomics, Institut Pasteur Paris 11h50 : A pipeline for fast and light-weight differential isoform expression from RNA-Seq data. Thibault Dayris – Institut Gustave Roussy 12h05 : Projet Snakemake de RNA-seq (DE et variant)– Hugo Pereira – LABGeM, CEA Evry 12h20 -13h30: déjeuner (plateaux repas) 13h30 : Exemple d’utilisation de snakemake avec des images docker dans le cloud de l’IFB. Sandrine Perrin – IFB Gif sur Yvette 13h45 : L’utilisation de Snakemake à l’Institut Curie. Mathieu Valade – Institut Curie 14h00 : L’utilisation de Snakemake à l’ICM. Justine Guegan – ICM, Paris 14h15-15h30h: Hackathon et discussions 15h30: pause café 15h50-17h: Hackathon et discussions Document de travail pour le hackathon   L’inscription pour cette journée est close ! Pour tout renseignement complémentaire vous pourrez nous contacter à cette adresse : Rachel Legendre.