EVENT : C3BI News
Journée Snakemake
Organisateurs : Rachel Legendre, Thomas Cokelaer, Hervé Ménager et Frédéric Lemoine from Institut Pasteur, Sarah Cohen-Boulakia, from LRI
Date : 12/12/2016 at
Location : Bâtiment Lwoff – Salle retrovirus, Institut Pasteur, Paris
L’Institut Pasteur, l’Institut Curie, le TAGC de Marseille et le CEA organisent avec le soutien de l’action
ReproVirtuFlow du GDR MADICS une journée de rencontre autour de l’outil de gestion de workflows
Snakemake.
Snakemake est de plus en plus utilisé comme gestionnaire de workflows en bioinformatique. En effet, il facilite le développement de pipelines lisibles, portables et modulaires.
Nous souhaitons fédérer une communauté afin d’établir de bonnes pratiques de développement et d’échange de règles.
Dans ce cadre, le 12 décembre prochain, nous organisons une journée de rencontre autour de Snakemake, qui se déroulera à l’Institut Pasteur. Les objectifs de cette journée sont:
– Le matin: Introduire Snakemake et vous permettre de présenter vos projets et retours d’expériences,
– L’après-midi: Travailler et discuter de manière plus informelle dans le cadre d’un hackathon.
Programme :
9h-9h30 : Accueil des participants – café
9h30-10h:
Tour de table des participants (par équipe)
10h-10h30:
Présentation générale de snakemake. Thomas Cokelaer (Institut Pasteur Paris)
10h30 : Pipeline Ribosome Profiling – Pierre Bertin – I2BC, CNRS Orsay
10h45 :
Pipelines mRNA et variants – Marc Galland – Université d’Amsterdam
11h00 : pause café
11h20 :
Development of Snakemake Workflows designed for ChIP-seq analysis – Claire Rioualen – TAGC, INSERM, Université de Marseille
11h35 :
Sequana: a set of flexible genomic pipelines for processing and reporting NGS analysis – Dimitri Desvillechabrol – Biomics, Institut Pasteur Paris
11h50 :
A pipeline for fast and light-weight differential isoform expression from RNA-Seq data. Thibault Dayris – Institut Gustave Roussy
12h05 :
Projet Snakemake de RNA-seq (DE et variant)– Hugo Pereira – LABGeM, CEA Evry
12h20 -13h30: déjeuner (plateaux repas)
13h30 :
Exemple d’utilisation de snakemake avec des images docker dans le cloud de l’IFB. Sandrine Perrin – IFB Gif sur Yvette
13h45 :
L’utilisation de Snakemake à l’Institut Curie. Mathieu Valade – Institut Curie
14h00 :
L’utilisation de Snakemake à l’ICM. Justine Guegan – ICM, Paris
14h15-15h30h:
Hackathon et discussions
15h30: pause café
15h50-17h:
Hackathon et discussions
Document de travail pour le hackathon
L’inscription pour cette journée est close !
Pour tout renseignement complémentaire vous pourrez nous contacter à cette adresse :
Rachel Legendre.
