Analyse de séquences


Main speaker : Corinne Maufrais, from C3BI
Date : 19-03-2018 at 09:30 am
Location : Module 3 – SOCIAL BUILDING (06) ,Institut Pasteur, Paris


OBJECTIFS :
Les biologistes sont régulièrement confrontés à des gènes (ou des protéines) de fonctions inconnues ou mal annotés. Dans ce contexte, maîtriser quelques techniques basiques d’analyse de séquences peut se révéler d’une aide précieuse.

L’objectif de cette formation est de présenter, au travers de l’utilisation de sites web spécialisés, quelques grands principes sur l’analyse de séquence. L’ensemble de la formation combine exposés théoriques (fondements méthodologiques des programmes) et applications pratiques (mise en relation des notions théoriques avec les paramètres des programmes et les résultats obtenus) pour permettre une utilisation autonome et critique de quelques logiciels d’analyse des séquences biologiques.

DATE ET LIEU :
Les cours auront lieu du lundi 19 mars au vendredi 23 mars de 9h30 à 12h30 et de 14h à 17h MODULE 4/ Salle 3 sous la cantine.

INSCRIPTION :
Répondre à cette annonce avant le 9 Mars 2018 en envoyant un email à corinne.maufrais@pasteur.fr

AUDIENCE :
Ce cours s’adresse à toutes personnes voulant améliorer sa maitrise des outils d’analyse de séquence dans le contexte du laboratoire : technicien, ingénieur, doctorant, postdoc, chercheur. Il n’est pas demandé de prérequis en informatique, la totalité des travaux pratiques se fera à l’aide de sites internet sans utilisation d’Unix ou de lignes de commandes. La formation sera donnée en français.



PROGRAMME :
1er jour :

  • Matin : Introduction générale et Organisation des banques de données publiques
  • Après-midi : Recherche d’information dans les banques de données publiques
2ème jour :
  • Matin : Comparaison et alignement de deux séquences (Cours)
  • Après-midi : Découverte de logiciels d’alignement de séquences : dotplot, water, needle, diffseq, lastweb (TP)
3ème jour :
  • Matin : Recherche de séquences similaires dans les banques de données et utilisation de Blast (Cours + TP)
  • Après-midi : Comparaison et alignement multiple de séquences avec clustalO, needle, t-coffee … (Cours + TP)
4ème jour :
  • Matin : (Cours + TP)
  • o Recherche et extraction de motifs (pattern/profils/HMM/logo)
    o Découverte de familles de protéines et domaines fonctionnels dans la banque prosite.
  • Après-midi : Introduction à l’annotation de génome (Cours + TP)
5ème jour :
  • Introduction à la phylogénie (Cours + TP)

PRESENTATIONS, EXRECICES ET DONNEES :

http://bit.ly/2pq3X4y

QUESTIONNAIRE :

https://bit.ly/2DOpSqr