Training – Morning sessions – Data analysis using R – Starting 8th March 2016

EVENT : C3BI Training – Morning sessions


Trainers : Marie-Agnès Dillies, Anne Biton, Stevenn Volant, Hugo Varet, from Bioinformatics and Biostatistic Hub, Felix Cheysson from Unité de pharmacoépidémiologie et maladies infectieuses, Institut Pasteur, Paris Time : 09:00 am – 12:00 am From : 08/03/2016     To: 12/04/2016 Every Tuesday

Location : Retrovirus room – LWOFF (22) ,Institut Pasteur, Paris


Le Hub Bioinformatique et Biostatistique de l’Institut Pasteur organise des cours thématiques ouverts à tous. La première session intitulée « Analyse de données avec R » aura lieu tous les mardis matins, du 8 mars au 12 avril, en salle rétrovirus n°14, rez-de-chaussée du bâtiment Lwoff. Les cours seront donnés en Français et alterneront théorie et pratique avec RStudio. Il est demandé à chaque participant de venir avec un ordinateur portable chargé sur lequel il aura préalablement installé les éléments nécessaires (R, Rstudio et les fichiers de données sur lesquels nous travaillerons). La liste complète des fichiers et logiciels nécessaires sera disponible sur la page web du cours une dizaine de jours avant le début de la session.

Ce cours est une initiation à l’analyse de données. Il est préférable d’avoir une connaissance minimale de R. Dans le cas contraire, un tutoriel d’initiation est disponible sur la page web du cours et les notions de base de R seront rappelées pendant la pratique. Pour les personnes n’ayant jamais utilisé R, il peut être utile d’avoir des connaissances de base en programmation, quel que soit le langage. Le cours s’adresse à des personnes qui veulent apprendre ou ré-apprendre à utiliser les statistiques à bon escient pour leurs propres projets. L’objectif est de présenter et expliquer les principales notions de statistiques utiles pour décrire un jeu de données, en explorer les propriétés afin d’en tirer des conclusions robustes, utiliser à bon escient les méthodes les plus courantes (tests d’hypothèse, ACP, …) et savoir lire, interpréter (et éventuellement aborder d’un œil critique) les résultats présentés dans les publications. Nous utiliserons le moins possible le formalisme mathématique mais insisterons sur les propriétés des méthodes, leurs pré-requis, l’interprétation des résultats. Nous aborderons les notions d’analyse exploratoire, ACP, clustering, estimation, échantillonnage, régression, tests d’hypothèse, planification d’expérience. Les inscriptions sont maintenant fermées.
Installation requise:

Documents

Programme Support de cours Commandes R Jeux de données Evaluation

Programme Training_MorningSessions_Stat

Supports de cours

Intro R :

Training_MorningSessions_Stat_IntroR

Session 1 : statsSessionLecture1 Session 2 : statsSessionLecture2

Session 3 : Session3_MultivariateAnalaysis Session 4: statisticalLawsCourse expDesigns Session 5 et 6: Stat_Session5_6

Commandes R

CommandesSession1.R CommandesSession3.R CommandesSession4.R CommandesSession5.R CommandesInternal.R

Jeux de données

LungA LungB LungC Session3_dat_pca_clus Session4_exprs Session5-6

Evaluation

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